A Fundep foi a responsável por gerenciar os recursos para a criação da Universidade Federal do ABC (UFABC), em 2006 e, desde então, as instituições mantêm sólida parceria. Em 2009, tornou-se a fundação de apoio da Universidade.
O reitor da UFABC, professor Dácio Matheus, enviou uma mensagem parabenizando a Fundep pelo seu cinquentenário.
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